旌忠寺所在之地，传为梁昭明太子萧统文选楼旧址。陈大建中（569-582），天台僧智顗大师来扬州弘法，兴建寺庙，就文选楼遗址建寂照院。隋大业间（605-618），其弟子智藻宏扬天台教义于寺中，隋炀帝亲临听讲，使寂照院成为当时名刹。
南宋隆兴中（1163-1164）祀忠武王岳飞，改名为功德院，至咸淳间（1265-1274），赐名旌忠寺。元重建大殿，明、清屡经修建。寺额旧题兼有“文楼旌忠”四字。光绪三十年（1904），在疏理沟道时，得宋人隶书“旌忠寺”石额，易之。又于寺外立圈门，额“古文选里”。大殿为楠木梁架，十分珍贵。清顺治八年（1651）造楼五楹，中礼文昌帝君，下礼昭明太子。今楼前古银杏一株，绿荫如盖。
据《扬州揽胜录》载：“文选楼在小东门北旌忠寺内，相传为梁昭明太子萧统文选楼故址。太子选录秦汉三国以下诗文凡六十卷，名曰《文选》，楼以是名。……炀帝游江都，常幸此楼。……民国初年，楼将圯，寺僧法权募资重建大楼五楹，备极壮丽。楼上中楹供太子塑像，首戴角巾，俨然儒者气象。楼前题‘梁昭明太子文选楼’额，楼下题‘六朝遗址’额。千余年文化古迹焕然一新，其功不可没也。”文选楼亦名藏经楼，今楼上贮有清代重要的佛教经典——乾隆版《龙藏》一部，共七千余卷，按千字文顺序排列，分装于二十一只樟木经柜内，保存完好，为扬州珍藏的古文物之一。
旌忠寺1962年被定为市级文物保护单位，1981年旌忠寺被列为扬州市开放寺庙，1984年起开始全面修建，今为扬州佛教协会驻地。
旌忠寺双塔
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